Programiranje kristala vrši se uz pomoć vizualizacije i misaone energije, sa sasvim određenom svrhom, koja nam je potrebna, vezano uz taj kristal. Vrlo je efikasno programiranje i sa zvukom, uz vizualizaciju željene slike za dotični kristal, potrebno je ponavljati određen ton. To se obično čini uz glasove : OM, JAM, RA, HA, KAM, LA, A, BA i sl. – izgovarati vibracijom tog zvuka. To je potrebno činiti više dana za redom. Intuitivno trebate osetiti kada sa programiranjem treba prekinuti.